Construida sobre los cimientos de la antigua mezquita aljama (Al-Jama) por mandato del obispo de Málaga Pedro de Toledo en 1491 —un año antes de la toma de Granada—, esta iglesia matriz simboliza la victoria ideológica de la fe cristiana y el poder real de los Reyes Católicos, quienes titularon todas las iglesias mayores granadinas bajo la advocación de Santa María de la Encarnación.
Este templo colegiático constituye un fascinante compendio arquitectónico donde conviven armoniosamente el gótico-mudéjar del primitivo templo (finalizado en 1508), las ampliaciones renacentistas del siglo XVI y la grandiosa cabecera neoclásica del XVIII. La singular dualidad arquitectónica del conjunto refleja las vicisitudes históricas de Loja: la parte más antigua responde al pragmatismo de la conquista cristiana, mientras que las ampliaciones posteriores manifiestan la prosperidad y el prestigio alcanzado por esta ciudad estratégica.
La nave gótico-mudéjar original, recientemente restaurada, se articula mediante arcos transversales que sustentan una espléndida armadura mudéjar, mientras que las capillas laterales se abren al espacio central a través de arcos apuntados cubiertos con bóvedas de crucería estrellada, sobre las cuales se disponen ventanas con vidrieras que tamizán la luz creando una atmósfera de profundo recogimiento espiritual.
La transformación más espectacular se produce en el siglo XVIII cuando, tras décadas de litigios entre el Concejo de Castilla, el Arzobispado y el Cabildo de Loja, se decide ampliar monumentalmente el templo según las trazas del prestigioso arquitecto real Ventura Rodríguez. La ejecución de este ambicioso proyecto recae en su discípulo predilecto, el gallego Domingo Lois de Monteagudo, académico de mérito de San Lucca de Roma y uno de los máximos exponentes del neoclasicismo español, quien diseña una grandiosa cabecera trebolada que se une magistralmente con la planta basilical preexistente.
El resultado es un crucero cuadrado cubierto con bóveda al que se abren tres grandes exedras —semicirculares las laterales y poligonal la central—, todas ellas cubiertas con bóvedas de cuarto de esfera que demuestran el dominio técnico de la cantería dieciochesca. Corona el conjunto una imponente torre octogonal de campanario que se remata con cornisa cuadrada, frontones triangulares en los lados mayores y cúpula con linterna, configurando una silueta inconfundible que domina el ‘skyline’ lojeño y actúa como faro visual para toda la comarca.
Entre los tesoros artísticos que atesora este templo destaca el excepcional retablo renacentista (1535) fruto de la colaboración entre Miguel Sánchez y Pedro Machuca —arquitecto del Palacio de Carlos V en la Alhambra—, una de las obras cumbre del Renacimiento granadino que evidencia la importancia que Loja había alcanzado en el contexto artístico del reino. La custodia de plata de Francisco Téllez (1581), platero de reconocido prestigio en la Granada del XVI, constituye una pieza excepcional de orfebrería renacentista que rivaliza con las mejores obras contemporáneas de Toledo o Sevilla. Especial relevancia histórica posee la cruz procesional de plata donada por la propia reina Isabel I de Castilla a la ciudad de Loja, testimonio tangible del aprecio real hacia esta población fronteriza y símbolo del patronazgo regio sobre el templo. Completan este patrimonio mueble un cáliz de oro del siglo XVII, ciriales de plata y una singular lápida cuadrangular de mármol de Génova procedente de un arca paleocristiana del siglo V, posiblemente relacionada con la basílica de San Pedro y San Pablo hallada en las montañas del Gibalto, que conecta la historia lojeña con los primeros siglos del cristianismo hispano.
El templo mantiene su función litúrgica activa con misas de lunes a sábado a las 19:30 horas y domingos a las 12:00 horas y 19:30 horas, con entrada gratuita durante los oficios religiosos. Para visitas turísticas fuera de los horarios de culto, es necesario contactar previamente con el Área de Turismo del Ayuntamiento de Loja.
